În 2199, la cinci ani după ce Gamilons a început o invazie de Pamant, planeta a fost distrusa de bombele străinilor .Ultimii supravietuitori ai omenirii au fugit în subteran pentru a scapa de suprafaţa iradiata a palanetei . Într-o zi, fostul pilot Susumu Kodai descoperă o capsulă trimisa de pe planeta Iscandar care povesteste despre un dispozitiv care poate elimina radiaţia de la suprafata Pamantului.Earth Defense Force reconstruieşte nava de razboi Yamato cu un nou tip de sistem de propulsie pentru a face fata călătoriei de 148,000 ani lumina catre planeta Iscandar in speranta de salvare a Pamantului.Aceasta pare sa fie ultima speranta deoarece in termen de un an, radiaţiile vor conduce restul omenirii la dispariţie.